根據《國家稅務總局關于調整增值稅扣稅憑證抵扣期限有關問題的通知》（國稅函[2009]617號）規定：增值稅一般納稅人取得2010年1月1日以后開具的增值稅專用發票、公路內河貨物運輸業統一發票和機動車銷售統一發票，應在開具之日起180日內到稅務機關辦理認證，并在認證通過的次月申報期內，向主管稅務機關申報抵扣進項稅額。未在規定期限內到稅務機關辦理認證、申報抵扣或者申請稽核比對的，不得作為合法的增值稅扣稅憑證，不得計算進項稅額抵扣。該公司業務人員傳遞發票不及時導致增值稅扣稅憑證逾期，由此造成的100萬元進項稅額無法再進行抵扣。

案例中股份公司是上市公司，有相對比較完善的內控制度及較詳細的企業管理業務流程，但稅務風險卻同樣不容忽視，案例中上市公司同其他企業一樣，認為采購部門遲早會拿發票來報銷，而且，站在企業角度，相關費用報銷的越晚，企業獲得的資金時間價值越大，因此，對采購發票的時間管控相對寬松，部分企業甚至根本不予關注。

為保證相關采購部門在認證期內將供應商開具的發票傳遞至財務部門，財務部門能在認證期內認證抵扣稅款，避免稅款損失，可以通過以下內控措施實現：

（1）將費用報銷時間及票據復核在制度中進行明確：

在《采購物資付款管理辦法》等類似制度中明確，專用發票必須在開具后4個月內（具體時間由企業根據自身情況判斷，保證在認證期內實現認證即可）報銷，對于逾期發票不再報銷；同時，財務部門設置相關崗位對專用發票合規性（包括時間、名稱等）進行復核，復核時需關注發票開具日期，對過了認證期限的發票不允許報銷相關費用，發票在審核通過后才能付款；對因相關崗位人員失職造成的企業稅收損失，由相關崗位人員承擔相應賠償責任。

（2）建立預警機制：

在相關崗位職責中明確如下內容：財務部門相關崗位每月制作《暫估應付款賬齡分析表》，將超過3個月仍未取得發票的《暫估應付款賬齡分析表》通過企業管理信息系統傳遞至各采購部門；采購部門相關人員每月固定日期前核對、分析財務部門傳遞過來的《暫估應付款賬齡分析表》相關信息，在表中注明發票未到原因并及時傳遞至財務部門，同時對已開具但未傳遞的發票在報銷期內及時報銷。

通過上述措施，將發票報銷時間及復核流程形成制度、職責，相關崗位人員嚴格按照崗位職責行事，將制度落到實處，從而將逾期發票涉稅風險扼殺在萌芽之前。

目前企業內控制度建設尚處于較低水平，雖然大多數企業每年都會對遵守稅收法律法規進行培訓及宣傳，但由于缺乏系統的管理，對稅收法律法規的遵從缺乏足夠的權威性；對于涉稅風險更是缺乏系統地跟進和處理，最終導致稅收遵從“說在嘴上，印在紙上，掛在墻上”，從而將企業置于較高涉稅風險境地。對此，大企業需要將稅務風險內控做為企業內部控制制度的重要組成部分和防范稅務風險的有效手段，通過管理層、治理層和全體員工的共同協作，合理保證企業在防范稅務風險的基礎上，創造稅務價值。